第三季开篇，海洋大面积变黑，鱼类灭绝，连美人鱼也开始生病。三位主角——战斗型米拉、治愈型莉亚、智慧型娜拉发现，污染的源头是海底火山附近的一座“沉睡之城”，那里封印着上一纪元的疯狂海神。海神醒来会毁灭人类世界，但不唤醒他，海洋也会在一年内死透。三人分裂成两派：米拉主张唤醒海神后杀掉他，莉亚反对任何牺牲。娜拉找到第三条路：用远古海螺记录人类排污证据，逼联合国清理海洋。与此同时，反派石油公司派出声波武器潜艇追杀她们。最终三人兵分两路，米拉引开潜艇，娜拉和莉亚将证据传至全球网络。人类被迫签下海洋净化条约，海神则在污染清除后自动长眠。结尾彩蛋：一只变异的巨型章鱼眼睛亮起红光。
这一季彻底跳出“美人鱼谈恋爱”的套路，把环保议题拍出了战争片的紧张感。三姐妹的价值观冲突真实有力，声波武器追击戏堪称水下版《疯狂的麦克斯》。
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